Le rôles et les interventions du Conseil dans les procédures réglementaires qui s'appliquent aux dossiers concernant les denrées alimentaires et aliments pour animaux génétiquement modifiés et soumis dans le cadre du Règlement (CE) 1829/2003 sont résumés dans le diagramme figurant à droite du texte.
Pour l'évaluation scientifique de ces dossiers et en plus des dispositions de l'arrêté susmentionné, le Conseil peut se référer à plusieurs lignes directrices s'appliquant à des plantes supérieures et/ou à d'autres (micro-)organismes, énumérées sur le Belgian Biosafety Server.